在一个经典的LC-MS/MS实验中，肽会先从液相色谱柱中洗脱，然后由质谱仪检测。在一定的保留时间内，肽可以被质谱仪检测为一系列同位素谱峰（右图左上）。多肽从色谱柱中洗脱下来，其峰值强度随着时间先上升随后下降。因此在3D视图中，单个肽段的feature将呈现出如右图所示的样子，我们将这些钟形峰称为肽段的feature。Peptide feature包括一系列同位素峰相应的m/z值、保留时间范围和强度，以及离子淌度作为第四维度的信息。

使用PEAKS进行数据库搜索，打开数据库搜索结果后，您可能会注意到肽表中的“Area”列（图1）。您可能还会在PEAKS的非标记定量结果中注意到此列。本文将解释PEAKS是如何计算peptide feature area的。

不同的定量工具会使用不同的方法来计算peptide feature area。PEAKS 使用两步法来计算：

• 根据洗脱下来的多肽或每个同位素峰产生的信号绘制曲线，然后计算曲线下的面积。请注意，PEAKS在计算曲线下的面积时使用分钟作为单位（图3）。
• 将每个同位素峰的峰面积加起来。PEAKS用户可以在面积计算中自定义同位素峰的最大峰数。