基于LC-MS的蛋白质/肽鉴定和定量已成为蛋白质组学、生理病理学/药物研究乃至临床试验不可或缺的工具。然而，来自新仪器方法和技术的数据日益复杂，也产生了多种潜在的变化源。随着样本量的增加这些差异进一步放大，由于临床研究中个体间的高度差异，每组通常需要超过50个样本。这些因素都要求研究人员在质量控制步骤花费更多的精力，而在研究项目中，这往往是一个乏味而耗时的步骤。

主要功能

1、在一个工作流中集成定性、定量和质量控制分析

2、将统计分析汇总为一份报告

3、导出数据和图形

为了克服在有效评估数据质量方面的挑战，PEAKS Online拥有一个用于蛋白质/肽鉴定和定量工作流的自动化QC（质量控制）工具。QC功能操作简单，易于设置，可以提供复杂和系统的QC分析。QC界面对于用户非常友好，可将统计分析汇总到一份报告中，并根据用户的需要导出所有数据和图形。

与数据库搜索的定性、定量结果的总结摘要页面相比，PEAKS Online中的QC模块提供了更多的指标来评估每个MS run 的质量。质量控制摘要页表提供了每个样本运行的MS和LC性能数据的概述，用户可以调整条形图内绘制数据的不同属性，并显示预设的允许偏差范围。另外界面有一个母离子与保留时间图，称为累积母离子计数，用于评估LC分离肽段效果，研究人员可以使用此信息微调LC梯度，监测色谱柱寿命并进行故障排除。在DB或者LFQ QC的界面，显示了定性/定量的肽段和蛋白质数量与其他指标（如扫描数、PSM数、可定性比例等），提供了许多用于评估数据重现性的图谱，如Venn图、Pearson相关性、母离子和碎片离子质量误差提琴图。可为选择的任意两个样本生成Venn图和Pearson相关图。

在DIA数据采集中，可能需要更严格的QC来弥补由于MS2谱图复杂性可能造成的低质量结果。因此，PEAKS Online提供了一个定制的QC过滤器，可以选择多个QC指标并删除未通过质控或者低质量的采集。所有未通过用户设置阈值的指标被分类并汇总到图表中。因此，用户可以快速确定在特定的采集过程中哪些指标质控不通过，并决定后续解决方案。

DIA QC工作流程还以箱型图的方式展示了LC梯度上所有样品中肽段的洗脱时间与特定对照品保留时间或者与所有样品的平均保留时间的差异。

All mentioned QC analysis result can be exported in either CSV or PDF file.

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