PEAKS DB 功能特点

• 基于LC-MS/MS 数据的搜索引擎
• 未知翻译后修饰搜索及分析
• 序列突变搜索
• 与从头测序整合
• 支持CID, HCD, ETD/ECD, EThcD、EAD等多种碎裂模式

蛋白的质谱鉴定

灵敏度和准确度

PEAKS DB是基于sequence tag的搜库算法，保证了鉴定的准确性和灵敏度。独特的“decoy-fusion”为PEAKS DB提供了非常准确的错误发现率(FDR)评估方法。这说明PEAKS DB是一种更加准确、更加灵敏的蛋白鉴定搜索引擎。

各种数据库搜索引擎在多肽鉴定上的性能

PEAKS DB可以自动地对蛋白鉴定数据库搜索任务进行统计分析，并在Summary Page中显示统计数据。用户可以通过指定的FDR轻松地过滤数据库搜索结果。

结果可视化

PEAKS 一直以其卓越的结果可视化而闻名。除了以上所述的总览视图，用户还可以从不同角度方便地查看蛋白质鉴定结果。 

特别是，蛋白质覆盖视图（Protein Coverage View）为用户提供了非常有用的信息，包括在一个蛋白中鉴定到的所有多肽，同时多肽的修饰位点信息和序列突变均会以高亮的字符显示。

当用户点击其中一条鉴定的多肽，PEAKS可以提供肽谱匹配的注释信息，同时当鼠标在氨基酸残基上移动时，相应支持的碎片离子信息会在谱图实时显示。

与 de novo Sequencing结果整合

同源多肽鉴定

传统的搜索引擎的假设是，数据库中包括了我们样品中的蛋白质的序列信息，但是，实际上很多我们关心的重要蛋白质，例如单抗，并不包含在任何常用数据库中。所以这种搜库策略的缺陷在于，搜库得到的蛋白最多可以尽可能匹配用于检索的数据库，但是当数据库本身不完整的时候，就会造成大量的多肽不能被鉴定或者鉴定错误。

整合了de novo sequencing 的PEAKS DB，能够提供更为完整的肽段的鉴定，而不依赖于多肽是否存在于数据库中。