• Local Confidence 指的是de novo peptide中整合成这个多肽的每一个氨基酸被分配在这个位置的可信度。它用百分比来表示。
• Total Local Confidence (TLC) 是肽序列中每个氨基酸的 local confidence scores（0到1）的总和。
• Average Local Confidence (ALC) 是TLC的平均值，也是TLC除以肽序列的氨基酸数量得到的值。

通常，肽的结果中55%以上是好的。但这并不意味着整个序列是正确的序列。这是因为在从头测序中开始和结束部分的光谱更难解释，由于这些片段的离子质量高或低。这就是为什么我们给结果设置了不同的颜色，以便您可以看到序列中高置信度的部分。

您完全可以从denovo序列标签末端中去除低评分氨基酸。为此，请点击分数阈值滑块按钮（denovo结果上方的绿色，黄色，和红色符号）。使用这个滑块来设置一个分数阈值，任何低于这个阈值的氨基酸都将缩减为其道尔顿质量。当您导出标签结果，表格的最后一列导出的结果将遵循这个置信度阈值。

最基本的：结果的质量。与其他的软件相比，PEAKS能始终如一地提供更准确的肽序列和更好的置信度。这是PEAKS全局优化算法和复杂评分模式的结果。

-10lgP 分数只是一个递增的 p 值。例如，p 值 1% 等于 -10lgP 为 20。对于给定的分数 x，其相应的 P 值是错误标识分数大于或等于 x 的概率。有关评分系统的更多信息，请参阅 PEAKS DB Score Tutorial.

PEAKS仅要求数据采取FASTA格式，并且标头应仅包含标准ASCII字符。

很可能是因为PEAKS没有找到数据库。在PEAKS中，先找到配置（Configuration），然后数据库（Database）。确保您在下拉菜单中正确的FASTA数据库类型，并在路径文本框中选择了正确的数据库路径。

对于具有中性损失质量数的PTM，PEAKS将搜索修饰氨基酸的同位素质量数以及中性损失质量数。PEAKS并不需要中性损失质量数的存在来鉴定修饰的氨基酸。但如果它存在，确实会有所帮助。

详情请参阅PEAKS DB Score Tutorial 。

1. 以Mascot为例，在首选项中，转到“Search Engine”，然后转到“Mascot Settings”。
2. 您需要知道 Mascot 服务器的 IP 地址或名称以及 Mascot 版本。
3. 在“Hostname (or IP address)：”文本框中输入此信息。通常这只是没有引号的“//mascotserver”。
4. 输入“Port：”编号，默认值为 80。
5. 进入虚拟目录，默认为’/mascot’。
6. 在“Version”下拉菜单中选择您的版本号。
7. 如果需要使用用户名和密码登录，可以在版本号下方的部分中输入它们。
8. 选中“Save Password”框，这样您就不必每次都输入密码。
9. 单击“Apply”按钮以保存您所做的任何更改。

*如果 Mascot 已安装在本地计算机上，请在Hostname (or IP address) 字段中键入“localhost”。例如，如果您的连接显示为“http://mascotserver/mascot”

肽百分比分数反映了考虑到所有使用的搜索引擎的肽谱匹配的质量。分数是根据 Peptide-Prophet中使用的经验计算得来的。蛋白质百分比分数是根据肽百分比分数计算得出的。肽百分比分数是每种蛋白质的加权和合并。然后将PeptideProphet方法应用于整套蛋白质，以获得最终的蛋白质概率分数。

“-1”表示发现了一个比率，但它并不来自任何高分肽。如果要显示该比率，可以在运行参数设置中提高肽的评分阈值。

最可能的原因是用户必须至少有两个样本，并且每个样本中的片段数量相同。

当存在潜在的内存问题时，最好检查PEAKS的性能配置，以确保计算机资源分配正确。设置性能配置时的一般规则.exe（默认情况下位于 C：\PEAKSStudioXplus 文件夹中）是仅将计算机物理资源的 75-80% 分配给 PEAKS。

推荐的计算机资源和性能配置

以上是建议的计算机资源和性能配置，以全面优化PEAKS许可证。如果需要手动配置，请确定可以为峰值分配的线程和 RAM 数量。对于分配给 PEAKS 的每个线程，需要 3 GB 的内存。

1. 最好将所有文件（示例文件、项目和数据库）存储在本地驱动器中。
2. 确保电源设置设置为永不休眠
   o 转到开始菜单，然后通过键入“控制面板”打开控制面板
   o 在右上角的搜索栏中，键入“电源”并打开“更改电源设置”
   o 切换到高性能选项
   o 另外，选择“更改计划设置”，然后选择“更改高级电源设置”
   o 找到“关闭硬盘电源”并将其切换为0，这意味着硬盘电源不会关闭
   o 同时将所有睡眠选项设置为“从不”

1. 所有类型的数据文件都没有加载，进度条卡在 0%。
   这可能与集成到PEAKS中的第三方工具（称为derbyServer）有关。由于某种原因，与文件夹关联的读/写权限可能已更改。如果使用以下方法重置文件夹，则应防止此问题：
   • 登录使用峰值的帐户时，请确保关闭峰值
   • 转到 C：\Users[您的用户名]\PEAKS_10.5 并删除 defaultproject、defaultTaskDB 和 derbyserver
   • 当您重新启动 PEAKS 时，将使用默认权限以默认格式重新创建这些文件夹，并且 PEAKS 应该运行平稳。
2. 添加了多个文件，但有些文件未成功加载（绿色¾图标未填充）或数据加载进度条上升到 99% 然后失败。这更可能是内存问题，通常发生在较大的原始文件上。将raw_file_loader_heap_size=512从 C：\Users[用户名]\PEAKS_10.0\PeaksInternal.properties 文件中增加到1024（如果有足够的计算机资源，则增加到2048）。

确保数据加载和数据细化成功完成的一般提示：
确保 MS1 和 MS2 扫描编号不为0。要检查这一点，请单击示例文件并检查“Properties”选项卡。

1. 检查 C盘和存储项目的本地驱动器中是否有足够的可用磁盘。大型项目可能需要 C盘中最多50 GB 的可用磁盘，并且硬盘驱动器中的内存需要是当前项目大小的两倍。
2. 检查参数中是否有可能导致此问题的内容。通常，修饰列表必须至少保持最小（如果可能的话，大约 3-5 个）以减少搜索空间。其他修饰可以在PEAKS PTM搜索中使用“高级设置”指定。
3. 如果有足够的计算机资源，则增加derby内存。来到 C：\Users[用户名]\PEAKS_10.5\PeaksInternal.properties，然后在记事本中编辑该文件。将 java_vmArg_derby=-Xmx1024m 增加到 2048 （2 GB）。

1. 检查PEAKS是否能够正确读取fasta文件，或者是否有任何无效内容，方法是转到 Preferences > Database ，然后单击“Validate Database”选项。
2. 减小一个批次的大小以防止内存不足错误。
   • 转到 C：\PEAKSStudioXplus\algorithmpara 并在记事本中打开 batchSizeConfig.xml
   • 然后，将 5000 更改为 2500
   • 这将减少通过 PEAKS DB 运行的批处理的大小
   • 然后，将 1.3 更改为 2.0
   • 这将增加分配给搜索每个谱的内存量

在某些情况下，PEAKS搜索已完成，但没有肽，或者鉴定出很少的肽。如果指定的质量误差容差（mass error tolerances）对数据严格，则可能会发生这种情况。以下是每种仪器的建议质量误差容差。

建议的仪器 Mass Error Tolerances

以上是每种仪器的默认质量误差容差。这些可以通过参考图2b PEAKS肽评分与母离子质量数误差的散点图，和图6过滤结果中肽谱匹配（PSM）的母离子质量误差来根据需要进行调整。