在Bioinformatics Solutions Inc. (BSI)，我们秉承的使命是通过深度学习软件解决方案和世界领先的质谱技术服务来推进蛋白质组学和糖蛋白组学的研究。在今年的ASMS上，我们很高兴为大家介绍最新版本的PEAKS^®️ Studio和PEAKS^®️ Online，并介绍我们实验服务的新项目，如DeepImmu^®️免疫肽组学发现服务和PEAKS^®️AB多克隆抗体测序服务等。您可以通过邮件（peaks@bioinfor.com）与PEAKS团队成员预约会议，或直接到#302展位交流。

PEAKS 用户会

PEAKS展会信息

展位号: #302
时间:
June 2: 7:45 pm – 9:00 pm
June 3–5: 9:00 am – 5:00 pm
June 6: 9:00 am – 2:30 pm
展会地点：
Anaheim Convention Center, 800 W Katella Ave, Anaheim, CA 92802, United States

软件亮点

在今年ASMS上，大家将了解到我们如何在PEAKS®️ Studio和PEAKS®️ Online中推进深度学习的应用。在PEAKS®️ 12中，我们整合了人工智能算法来提升多肽从头测序，PEAKS DB, PEAKS DIA和用于免疫肽组学的DeepNovo ®️Peptidome。

• 在新版本的PEAKS®️软件中，用户将体验到最准确和最快的多肽从头测序。多年来，PEAKS一直被业内看作是自动多肽从头测序的黄金标准，随着GPU加持的“DeepNovo”推出，PEAKS中的从头测序也达到了有史以来的最高水平。
• 深度学习已应用于我们的DIA分析工作流，包括谱图库搜索、直接数据库搜索和从头测序。在新版本中，用户可以体验到更快的DIA数据分析，更高的灵敏度和准确性，以及更好的短梯度数据支持。
• DeepNovo®️ Peptidome workflow支持DDA和DIA数据的免疫肽组分析。新版中，我们整合了最先进的DeepNovo算法，实现了更快的速度，提供更全面的肽段信息，包括翻译后修饰、序列变异和新生肽段。
• PEAKS DB search提供了一种独特的de novo辅助的数据库搜索方法，以提高灵敏度和准确性。用户可以选择通过深度学习提升MS2评分，并将鉴定数量提高约10%。

服务推新

今年，我们搬到了新的实验室，并发布了两项新的服务项目，分别是DeepImmu免疫肽组学发现和PEAKS®️ AB 多克隆抗体测序。这两种服务解决方案均需要强大的从头测序方案来直接从LC-MS/MS数据中准确获取氨基酸序列。作为PEAKS从头测序的开发者，我们利用自己的生物信息学、质谱和人工智能专业经验为世界各地的研究人员提供专业的相关服务。

DeepImmu®️免疫肽组学发现服务

我们的免疫肽组学服务包括细胞裂解、组织和血浆样品处理、MHC多肽纯化、LC-MS/MS数据采集、多肽鉴定、序列MOTIF分析、结合亲和力和免疫原性预测。此外，还包括质控测试，以确保结果的准确性。我们先进的软件算法和PEAKS DeepNovo Peptidome工作流程为免疫肽的定性和定量提供准确、灵敏和可重复的结果。

PEAKS®️AB 多克隆抗体测序服务

我们开发了一套完整的工作流程，将多维液相分离技术与完整分子量、Top-down和Bottom-up的多层次质谱技术集成在一起，以准确地对抗体混合物进行从头测序。我们的完整技术平台利用深度学习和创新的算法（PolySeq.AI）来处理自上而下的蛋白质数据，同时将完整分子量的和自下而上的数据结合到最终的测序结果中。BSI质谱实验室的PEAKS®️ AB多克隆抗体测序服务将提供完整的抗体混合物测序解决方案。

PEAKS®️ GlycanFinder: 糖基化修饰深度表征服务

我们的服务基于优化的实验方案和先进的PEAKS® GlycanFinder软件来满足您的糖蛋白组学分析需求。我们的工作流程适用于各种样品类型，如凝胶切片，纯化蛋白质，细胞裂解液。如有需要，我们可提供量身定制的个性化服务，用于分析纯化蛋白中的N-link和O-link的糖肽深度表征，此外还可以提供完整分子量的糖型分析。此外，我们的糖肽富集方法也是经过深度优化的，以加强复杂样品和细胞裂解物的糖蛋白组学分析。

会议海报

TP 566 An AI-driven, proteogenomics-based and complete workflow for novel neoantigen discovery
Authors: Qing Zhang [1], Kyle Hoffman [1], Sahar Rabinoviz [1], Peng Chao [2], Haibo Bian [1], Wenting Li [1], Lei Xin [1], Baozhen Shan [1]
[1] Bioinformatics Solutions Inc., Waterloo, ON
[2] Baizhen Biotechnology (Shanghai) Co., Ltd., Shanghai 201112, China

ThP 058 A Bayesian model for estimating the posterior error probability and the false discovery rate of de novo peptide sequencing
Authors: Hieu Tran [1], Rui Qiao [1], Lei Xin [1], Baozhen Shan [1]
[1] Bioinformatics Solutions Inc., Waterloo, ON

WP 047 Revolutionizing Proteomics: Ultra-Fast, High-Accuracy Peptide Sequencing with Enhanced GraphNovo Algorithm
Authors: Zeping Mao [1], Lei Xin[1], Shengying Pan [1], Baozhen Shan [1]
[1] Bioinformatics Solutions Inc., Waterloo, ON

WP 704 Combining Top-Down and Bottom-Up Mass Spectrometry Paves the Way for High Throughput Polyclonal Antibody Sequencing
Authors: Lei Xin [1], Peng Chao [2], Jun Ma [2], Shuyang Zhang [1], Zihao Wang [1], Wenting Li [1], Kyle Hoffman [1], Ailee Aihemaiti [1], Baozhen Shan [1]
[1] Bioinformatics Solutions Inc., Waterloo, ON
[2] Baizhen Biotechnology (Shanghai) Co., Ltd., Shanghai 201112, China

MP 451 Confident identification of proteome-wide low-level mutations using PEAKS 11.5
Authors: Kyle Hoffman [1], Julie Genereaux [2], Lei Xin [1], Zia Rahman [1], Christopher J Brandl [2], Patrick O’Donoghue [2], Baozhen Shan [1]
[1] Bioinformatics Solutions Inc., Waterloo, ON
[2] Western University, London, ON